Huyện Phong Thổ có 16 xã: Bản Lang, Dào San, Hoang Thèn, Huổi Luông, Khổng Lào, Lản Nhì Thàng,  Ma Li Pho, Mồ Sì San, Mù Sang, Mường So, Nậm Xe, Pa Vây Sử, Sì Lở Lầu, Sin Suối Hồ, Tung Qua Lìn, Vàng Ma Chải và 1 thị trấn Phong Thổ. Trong đó có 12 xã biên giới tiếp giáp với Trung Quốc.